2001年1月2日，閩台兩地“兩門對開、兩馬先行”，率先開通“小三通”航線。18年來，閩台“小三通””航線已成為兩岸直接往來的“黃金通道”，被譽為兩岸“通的橋樑、連的結點、合的紐帶”。
福建海事局相關負責人介紹，該局首創設立了VTS(船舶交通服務)海上客運航線專台，維護閩台“小三通”航線海上通航秩序；率先對閩台“小三通”船舶實施“差異化趨同”管理，推動兩岸“船籍港標準”互認；實施通關查驗“綠色通道”服務，加強節假日等重點時段監管。
該負責人還介紹，該局還加強應急能力建設，完善兩岸應急聯絡和信息通報機制。
目前，福建沿海有廈(門)金(門)、泉(州)金(門)、“兩馬”(馬尾-馬祖)、黃岐-馬祖4條閩台“小三通”航線。統計數據顯示，自開通以來，廈金航線發送旅客約1900萬人次，泉金航線發送旅客約130萬人次，“兩馬”航線發送旅客約65萬人次，黃岐-馬祖航線發送旅客逾16萬人次。
