2001年1月2日，闽台两地“两门对开、两马先行”，率先开通“小三通”航线。18年来，闽台“小三通””航线已成为两岸直接往来的“黄金通道”，被誉为两岸“通的桥梁、连的结点、合的纽带”。
福建海事局相关负责人介绍，该局首创设立了VTS(船舶交通服务)海上客运航线专台，维护闽台“小三通”航线海上通航秩序；率先对闽台“小三通”船舶实施“差异化趋同”管理，推动两岸“船籍港标准”互认；实施通关查验“绿色通道”服务，加强节假日等重点时段监管。
该负责人还介绍，该局还加强应急能力建设，完善两岸应急联络和信息通报机制。
目前，福建沿海有厦(门)金(门)、泉(州)金(门)、“两马”(马尾-马祖)、黄岐-马祖4条闽台“小三通”航线。统计数据显示，自开通以来，厦金航线发送旅客约1900万人次，泉金航线发送旅客约130万人次，“两马”航线发送旅客约65万人次，黄岐-马祖航线发送旅客逾16万人次。
