「秋行军虫灾害紧急应变小组」(简称应变小组)表示，6 月 8 日国内首例秋行军虫案件确认后，即依据紧急防治规划时程启动防疫措施，目前为第二阶段应强制施药，防检局不仅公告 11 种玉米秋行军虫紧急防治药剂，同时为应紧急用药需求，该局更办理紧急防治药剂开口契约，提供各地方防疫机关自行选购不同作用机制药剂，提供农民轮替施用。此项作为，不仅简化了地方政府采购行政程序与时效，更强化紧急防疫量能。另，防检局亦委托四所大学植物医师团队执行紧急防治药剂田间药效试验，确认公告药剂之防治效果，结果证实正确使用情况下，均有良好防治成效。
应变小组进一步说明，目前秋行军虫防治仍属第二阶段强制施药，防检局配合地方政府用药需求随时检视开口契约用量并补足缺口，防治药剂与第一次施药工资由政府负担，补助方式及额度由地方政府因地制宜规划执行。考量秋行军虫容易产生抗药性，在大面积施药同时，应选用不同作用机制的药剂轮替使用；地方政府有大量防治药剂采购需求时，亦应依实际需求选用开口契约中不同作用机制之药剂。近期为因应云嘉南地区大面积转(契)作玉米秋行军虫防疫需求，已有部分药剂种类重新办理开口契约，以满足地方防疫需求。
应变小组强调，为确保秋行军虫公告紧急防治药剂之防治效果，亦借重国立台湾大学、中兴大学、嘉义大学及屏东科技大学四所大学植物医师团队之专业人才，执行玉米及高粱秋行军虫紧急防治药剂田间药效试验，结果证实于作物受害初期之苗期阶段时，选用适当机具且正确使用防治药剂情况下，均有良好防治成效，并无传闻公告紧急防治药剂均无效之情事。
应变小组表示，目前国内硬质玉米及青割玉米仍陆续栽种中，唯有加强田间巡查，即早发现，正确防治，才能有效控制疫情。依秋行军虫生态习性，雌虫羽化后无须取食即可交配产卵，而现行性费洛蒙诱集器仅能诱捕雄成虫并不具毒杀能力，能否借由诱捕雄成虫来降低交尾率亦尚待研究确认。目前性费洛蒙诱集器仅供族群密度监测之用，监测工作仍由政府负责，现阶段亦不建议农民自行悬挂，避免与官方监测点互相干扰，影响整体防疫成效。再者，对于大面积运用诱集器”大量诱杀”防治，因涉及布设地点之选定、布设距离及单位面积布设数量等技术细节，现正由研究单位努力开发中。另，各界所关注之赤眼卵蜂天敌防治效果，亦正持续进行田间试验中，虽目前试验尚未完成，但田间实际观察发现，自然界确有赤眼卵蜂可搜寻且寄生秋行军虫卵块，未来运用天敌防治应当可行。
此外，为提升大佃农及秋作玉米农民秋行军虫辨识及自主管理能力，农委会所属试验场所及各地方政府针对重点产区持续密集办理秋行军虫宣导讲习，目前已办理宣导讲习共计126场次，8,579人次参与。另，截至11月1日止，全国各县市均有秋行军虫通报确定案件计4,808件(12,147公顷)，目前已完成销毁 81件(24公顷)，药剂防治4,402件(8,363公顷) ；其中主要发生之云嘉南地区确认通报案例即达 4.119件(10,037公顷)。秋行军虫相关疫情资讯，每日更新于「秋行军虫专区」(网址:http://faw.baphiq.gov.tw/)。
