蓝绿两党内针对总统大选初选竞争激烈，台北市长柯文哲成为最大变量。国民党评估，总统大选除了民进党候选人，柯文哲参选机率极高，党内已将柯文哲视为竞争组合，并且极有可能上演去年台北市长选举三强对决的情形。
国民党内认为，若柯文哲参选，决战关键将是候选人本身，而不是传统政党版块的移动。对国民党候选人而言，选战最后柯文哲是与民进党候选人“合或配”，更是牵动最后胜选的决定因素。国民党内也评估，在三强对决下如果最后出现弃保，对蓝营不利。
针对柯文哲参选对蓝绿的冲击，党内认为，去年台北市长选举是最佳参考范例，在三强对决情形下，如果蓝、绿候选人够强，就能威胁柯，但若蓝绿候选人实力不对称，即使泛绿出现两组候选人，获利的最后也不是蓝营。
国民党内指出，明年大选在柯文哲参选的情形下，不能用传统的蓝绿版块来推估结果，要回到候选人本身。在三强鼎立下，蓝绿政党版块的选票只有三成，剩下是关键的中间及浅绿、浅蓝的选票，柯文哲牵动的正是这部分。
蓝营人士表示，如果蓝绿候选人都强，双方从政党选票往中间争取更多的中间选票，柯文哲能否提出更胜蓝绿的愿景、进而争取到多数的选票支持，难度就愈大；相反的，若蓝绿候选人都有弱点，柯刚好能补上，选民在蓝绿之外，有更属意的选择，如此就对柯有利。
国民党内指出，对国民党候选人而言，选战最后就算与民进党候选人打成五五波，但仍要担心，即使出现弃保，对蓝也不利，因为柯在大选中始终和民进党有合作或搭配的无限可能，但与蓝合作的可能性不存在，一旦柯位移，柯文哲的支持者、特别是年轻选民，将成影响胜败的关键少数。
国民党内初选时程为：六月十日公布初选名单后，将在七月五日至七月十五日进行全民调，全民调分对比式及互比式民调，其中对比式民调占比百分之八十五，将是决定胜败的关键。不过最后对比民调的对象，还是要由民调执行小组和初选参选人达成共识。
