秋行军虫灾害紧急应变小组17日表示，国内确认诱捕到秋行军虫成虫，全台迄今累计共21处、55只，即日起防疫工作将进入第二阶段，发现秋行军虫田区将实施强制喷药。此外，经专家鉴定确认秋行军虫共68件，地方政府已完成销毁共44件，高雄市17日亦通报1例，全台仅剩基隆市、新竹市、嘉义市、南投县4县市尚无通报案例。
农委会防检局局长冯海东表示，国内自6月8日发现四龄幼虫后，经民众通报到田间现场勘查，13日于台东鹿野玉米田发现卵块，15日嘉义东石田区及澎湖太武均发现、诱捕到成虫，16日在嘉义六脚销毁田区发现虫蛹，故分析秋行军虫已在台成长完成第一世代。
农委会副主委陈骏季表示，第二阶段防疫仍由农民主动通报，经专家现场勘查鉴定，管制田区强制喷药，农作物不必销毁，喷药费用则由农委会支应，农民损失应能降至最低；且管制田区将不再如第一阶段管制3个月，而会以作物生长季作为依据，以目前发现案例皆嗜吃玉米为例，最多管制4个月。
陈骏季表示，因成虫会飞，其危害会扩散、无方向性，防治要100%根绝几乎不可能，应变小组将持续监控之后喷药防治效果，以研拟适合农民自主防治的方式，好让此虫对国内作物的危害降到最低，“准备与虫共存”，进入第三阶段防治工作，即是交由农民自主防治。
冯海东指出，现阶段最怕农民乱喷药，一是可能影响后端食品安全，一是若让秋行军虫产生抗药性，未来防治更复杂，防检局已公告紧急防治用药11种，有机农田亦可用苏力菌防治，希望农民通报，由地方政府督导。
冯海东并说，目前国内发现案例均嗜吃玉米，但不排除玉米吃完之后会移往其他作物，亦有学者认为秋行军虫不单是玉米型及稻米型，可能有其他变异的生理小种，防检局将持续针对样本进行分子生物鉴定，以确认其传播途径，做更好的防治策略。
