有媒体报导国土计画增加用地限制，影响宗教寺庙申请合法化作业，对此，内政部澄清，目前研订的「国土计画土地使用管制规则」草案，仍尚未定案，会听取社会各界意见，审慎检讨，并订定既有宗教建筑辅导合法机制，兼顾国土保育与民间宗教信仰。
内政部表示，辅导宗教寺庙合法为内政部重要政策，为保障人民信仰自由并协助宗教寺庙合法，内政部除由民政司透过寺庙登记及补办登记相关措施，协助宗教寺庙管理及辅导合法外，营建署亦透过土地使用变更等方式，积极协助宗教寺庙用地合法化，于各县市都市计画订有处理原则，至于非都市土地部分，刻会同有关部会研订「国土计画土地使用管制规则」草案，目前尚未定案，未来将持续参考社会各界意见讨论修正。
协助宗教寺庙合法化 地方订宗教专用区审议原则
内政部指出，为辅导寺庙土地或建物合法化，民国102年已通函请各直辖市、县（市）政府订定都市计画宗教专用区检讨变更审议原则，针对原合法或都市计画发布实施前既存之宗教建筑物或未能补办寺庙登记证者，订有申请变更时机、办理程序、相关回馈机制及不同之使用强度等规定，各地方政府于办理所辖都市计画通盘检讨时，皆会通知民政单位转知寺庙提出申请，并循都市计画程序办理相关合法作业。
不会迳行拆除 国土计画研订宗教建筑辅导机制
内政部表示，国土计画法于105年5月1日起施行，预定于111年5月1日起正式开始执行，作为都市计画以外土地使用管制依据。为使制度顺利衔接，内政部刻研订「国土计画土地使用管制规则」草案，考量宗教寺庙为国人重要心灵涵养场域，其坐落区位应尽量靠近人口集居地区，以方便就近参拜，初步规划以城乡发展地区（第2类之1、第3类）及农业发展地区（第4类）为宗教建筑申请使用区位。
但考量社会各界意见，内政部强调，除核心保育及优良农业生产等地区外，将再听取相关机关意见审慎检讨，及订定既有宗教建筑辅导合法机制，并非媒体报导宗教建筑「将没机会申报合法化并正式登记，进一步被认定违建，随时有拆除危机」之情况。
