中国疾病预防控制中心在官方网站发布2020年6月-7月北京新型冠状病毒肺炎疫情进展(二)。其中指出，北京市自6月13日关闭新发地批发市场以来已过22天，接近两个最长潜伏期，相关暴露人员继续发病风险已基本消除。目前，北京已连续1周每天新增病例数为个位数，且均来自于已有效管理人群，后续发生新的感染的风险较低，北京疫情已得到有效控制。
6月11日，北京市发生新发地农产品批发市场相关的新型冠状病毒肺炎疫。截至7月6日24时，本次新冠肺炎暴发疫情共报告病例400例(包括确诊病例362例、无症状感染者38例)。疫情波及7个省市，其中，北京市共报告病例366例(确诊病例335例、无症状感染者31例)、河北27例(确诊病例21例、无症状感染者6例)、辽宁3例(确诊病例3例)、四川1例(确诊病例)、天津1例(确诊病例)、浙江1例(确诊病例)、河南1例(无症状感染者)。
在病例样本检测结果方面，中国疾控中心对北京52例确诊病例样本的新冠病毒全基因组高通量序列测定结果显示，与武汉参考毒株NC_045512序列相比，所有样本在C241T、C3037T、C14408T、 A23403G四个位点发生突变，并且在28881-28883位点发生GGG突变为AAC，符合L基因型欧洲家系分支I基因位点的突变特征。河北、天津市确诊病例样本新冠病毒全基因组高通量序列与北京病例样本的全基因组序列100%相同，同样存在相应的变异位点，同属于新型冠状病毒L基因型欧洲家系分支I。
在环境样本检测结果方面，中国疾控中心对北京市新发地市场8份环境样本进行新冠病毒全基因组高通量序列测定，结果显示，与52例新冠患者样本的全基因组序列在C241T、C3037T 、C14408T、A23403G、GGG28881-28883AAC 七个位点突变相同，同属于L基因型欧洲家系分支I。
谈及疫情特点及趋势研判，中国疾控中心初步判断此次北京市新发地市场相关的聚集性新冠肺炎疫情是通过污染环境、物品、人员接触等多种暴露方式导致的一起较大规模的暴发疫情。疫情迅速扩散到北京市多个区和其他省份，并在有关市场、家庭、单位等发生了29起新发地相关聚集性疫情。
根据流行病学调查及病毒基因测序结果分析，引起此次疫情的毒株为L基因型欧洲家系分支I，排除由动物病毒外溢传染人导致本次疫情的可能。病毒如何引入市场以及在市场内的扩散、传播机制正在进一步调查中。
中国疾控中心指出，目前，北京市等实施的综合防控措施效果已经显现。自6月13日关闭新发地批发市场以来已过22天，接近两个最长潜伏期，相关暴露人员继续发病风险已基本消除。高风险环境、人群均已有效识别发现、处置并纳入管控范围。目前，已连续1周每天新增病例数为个位数，且均来自于已有效管理人群，后续发生新的感染的风险较低，北京疫情已得到有效控制。河北、辽宁、河南、浙江、四川、天津均已有效控制北京新发地相关疫情。
