政院長賴清德與總統府秘書長陳菊原為九合一大敗請辭，經過總統蔡英文懇談慰留，賴清德、陳菊26日決定留任，維持府院鐵三角，穩定選後政局。
九合一選舉大敗，蔡英文在24日當晚辭去黨主席，賴清德與陳菊也分別請辭。雖然蔡英文隨即慰留兩人，但賴清德認為應該要為選舉結果負責，第一時間動向未明。
這2天，也傳出陳菊辭意甚堅，請幕僚打包辦公室與台北住處，打算返回高雄。
陳菊今年4月才卸下高雄市長，接任總統府秘書長，蔡英文、賴清德和陳菊被形容為執政鐵三角，受到九合一敗選衝擊，賴清德和陳菊雙雙請辭，為了政局穩定與政策推動，蔡英文前天再和兩人懇談，全力慰留。
賴清德昨天上午親自召開記者會指出，他前天下午跟蔡英文討論，最後決定留下來繼續努力，希望行政院政務推動不至於中斷，也協助穩定政局，後續行政院會負起責任，滾動檢討各項政策，在短期內完成公投相關法案，積極回應人民期待。
賴清德說，將如期到立法院報告普悠瑪事件；其他包括108年度中央政府總預算、前瞻基礎建設第二期預算、加入CPTPP相關法製作業，都在立法院審議中，他也有責任持續推動，讓法案通過，這也是他決定留下來的原因。
賴清德開完記者會後不久，總統府也對外宣布，蔡英文考量國家政局穩定與各項重大政策的持續推動，潛晚邀集陳菊懇談，再三慰留，陳菊決定留任，全力襄助總統在擴大社會對話以及各項革新工作上的努力。
總統府表示，蔡英文認為，就在這個國家革新前進的關鍵期間，執政團隊的切實檢討與穩健推進非常重要，她希望陳菊能夠繼續與團隊並肩作戰，協助她帶領執政團隊在最短時間內凝聚最大的革新銳意，把各項工作做到最好，以回應國民的期待。
立法院長蘇嘉全表示，一場選舉選輸不是單一事項，是非常多因素累積而成，如果大家都認為是自己的因素就辭職，「我看大概每個人都要辭職」，他認為現階段還是以政局穩定為重，朝對的方向做，相信民進黨還是會得到民心。
蔡英文辭去民進黨主席一職後，民進黨黨務系統將改組，目前黨內已經有人喊出「中生代提早全面接班」，黨內多位要角也被點名接任黨主席。
